Родился 9 мая 1955 года в посёлке Тобол Казахской ССР. Окончил Новосибирское высшее военное командное училище внутренних войск МВД СССР, Военную академию имени М.В. Фрунзе. После окончания в 1999 году Военной академии Генерального штаба назначен командиром отдельной бригады оперативного назначения Московского округа внутренних войск МВД России. Так распорядилась судьба, что софринскую бригаду внутренних войск Геннадий Дмитриевич принял в очень тяжелые времена и повёл её, что называется, с марша — в бой. Полыхал Дагестан, разгоралась Чечня, софринцы с первых дней войны — на передовой. Они подставляли надёжное плечо армейцам там, где ощущалась слабина, где на флангах образовывались бреши. Бригаду, едва вышедшую из боя, как палочку-выручалочку бросали то в Алхан-Калу — там прорыв боевиков, то снова в Грозный.

Комбриг умело управлял своими подразделениями. Под его руководством успешно проведены специальные операции в городе Гудермесе, населённых пунктах Луговое, Привольное, Червленная, Старощедринская, Виноградное, Брагуны, Дербанхи. Командиру приходилось в сложнейших условиях принимать решения, от которых зависел успех боя. И поставленные задачи выполнялись грамотно и в срок. При проведении спецоперации в районе Гудермеса, находясь на боевых позициях батальона, полковник Фоменко лично возглавил роту и предотвратил прорыв противника через позиции внутренних войск. Важный рубеж боевики так и не смогли отбить у наших военнослужащих.

Указом Президента Российской Федерации от 11 января 2000 года за мужество и героизм, умелое руководство подчинёнными при проведении специальных операций на территории Северо-Кавказского региона полковник Фоменко Геннадий Дмитриевич удостоен звания Героя Российской Федерации. В этом же году, в канун Дня защитника Отечества, ему присвоено звание генерал-майора.

С 2001 по 2008 год – начальник штаба Северо-Западного округа внутренних войск МВД России.

Награждён орденом «За военные заслуги», медалью Суворова.

Уволен в запас в 2008 году. Живёт и работает в Санкт-Петербурге. Является вице-президентом Российской Ассоциации Героев и возглавляет межрегиональную общественную организацию «Совет Героев Советского Союза, Героев Российской Федерации и полных кавалеров ордена Славы Санкт-Петербурга и Ленинградской области».


.